Le secteur secondaire anglais offre un programme académique de haut calibre de la 1ère à la 5e secondaire qui prépare les élèves aux examens de fin d'études secondaires en vue d'obtenir le Diplôme d'études secondaires (DES), formation générale du Ministère de l'Éducation, du Loisir et du Sport du Québec (MELS).

Ceci s'accomplit dans le contexte d'une perspective chrétienne qui comprend les éléments suivants:

• Les dévotions matinales quotidiennes d'une quinzaine de minutes dans chaque classe qui incluent la lecture de la Bible et la prière.
• Des assemblées dirigées par les élèves qui comprennent une lecture biblique, des chants, la prière et parfois des invités chrétiens.
• Des assemblées pour célébrer des événements spéciaux du calendrier chrétien.
• Chaque élève suit un cours académique sur la Bible à raison de trois périodes par cycle, avec au programme: l'histoire du peuple de Dieu dans l'Ancien Testament, l'introduction aux évangiles; une étude approfondie sur la vie du Christ et son application pratique; l'évangile de Jean; les épîtres de Paul; le livre des Ecclésiastes; un aperçu critique des diverses religions mondiales selon la perspective chrétienne; l'apologétique.
• Des enseignants qui appuient entièrement la profession de foi de l'école et présentent une perspective chrétienne du monde et de la vie dans tous leurs cours.

L'École Chrétienne Emmanuel suit un système de sanction des études tel que défini par le Régime Pédagogique du Ministère de l'Éducation, des Loisirs et des Sports du Québec. Le programme comprend:

• Une immersion partielle en français à presque tous les niveaux incluant l'Éducation physique, Géographie générale (Sec. 1), Arts plastiques (Sec. 1 et 2), Histoire générale (Sec. 2), Histoire du Québec et du Canada (Sec. 4 ou 5) et Enseignement moral et religieux (Sec. 4 et 5).
• Deux à trois niveaux de français, soit Français langue maternelle, enrichie ou langue seconde selon l'aptitude de l'élève.
• Un programme de science et de mathématiques conçu pour préparer l'élève qui le veut et qui en est capable pour entrer en Sciences de la santé ou Sciences pures au CEGEP.
• L'accès à un laboratoire d'ordinateurs et une salle de projets pour les devoirs et le travail de cours.
• Une pièce théâtrale présentée par notre classe d'Art dramatique, au printemps.
• Un concours annuel d'Art oratoire dans le cadre du programme d'Anglais langue maternelle et du Français langue maternelle. Les gagnants se rendent aux compétitions avec d'autres écoles.
• Un programme d'art à tous les niveaux.
• Un concours Expo-Sciences en secondaire 2, 3 et 5. Les gagnants participent à la compétition régionale de Montréal.
• Des équipes sportives parascolaires d'Athlétisme, Badminton, Basketball, Soccer, Tchoukball et de Hockey Cosom selon l'intérêt des élèves.
• Un festival annuel des arts plastiques mettant en valeur le talent et les réalisations de nos élèves.
• Un voyage éducatif en Europe selon la disponibilité des professeurs et l'intérêt des élèves en secondaire 4 et 5.
• Un conseil étudiant actif qui organise une variété d'activités tel qu'animations à l'heure du midi, journées sans uniforme, dîner-pizza, retraites, et plus.
• Mission locale et internationale en secondaire 3.